Dnia 7.11.2006 członkowie MTO w składzie: Jacek Tyblewski (v-ce prezes) i Szymon Wójcik złożyli w Urzędzie Miasta Krakowa dokumenty w których przedstawione zostały propozycje utworzenia 44 użytków ekologicznych. W 2005 roku zespół naukowców z Instytutu Nauk o Środowisku Uniwersytetu Jagiellońskiego, zajmujący się od kilku lat przyrodą Krakowa, opracował „Koncepcję ochrony różnorodności biotycznej Miasta Krakowa”:
http://www.eko.uj.edu.pl/przyrodakrakowa/koncept.htm
Zawarto w niej szereg opracowań dotyczących w sumie 36 terenów, wytypowanych ze względu na ich cenne walory przyrodnicze, godne objęcia ochroną. Dalszych 8 terenów wytypowało Małopolskie Towarzystwo Ornitologiczne. Miejsca te, znajdujące się w obrębie granic administracyjnych miasta powinny być chronione ze względu na unikalne walory przyrodnicze w skali nie tylko lokalnej, ale i całego kraju. W lutym 2007 roku propozycje te również zostały przesłane do poszczególnych rad dzielnic.
Poniżej lista proponowanych użytków ekologicznych:
01 Mydlniki – stawy
02 Fort Mydlniki
03 Dolina Prądnika
04 Łąki w Toniach
05 Mokradło Górka Narodowa
06 Park Leśny Witkowice
07 Pasternik
08 Zbiorniki wodne w Zesławicach
09 Dolina Potoku Węrzynowickiego
10 Sikornik
11 Las Łęgowy w Przegorzałach
12 Łąki na południe od ul. Podgórki Tynieckie
13 Łąki w Kostrzu
14 Łąki w Pastwiskach
15 Starorzecze Koło Tynieckie
16 Zalew Zakrzówek
17 Szerokie Łąki
18 Fort Bodzów
19 Kamieniołom Tyniec
20 Staw i łąki przy ulicy Janasówka
21 Zespół Stawów Szuwarowa
22 Staw przy ul. Geologów i forty
23 Stawki w Piaskach Wielkich
24 Las łęgowy przy stacji PKP Swoszowice
25 Mokradło w Bieżanowie
26 Staw przy ul. Smoleńskiego
27 Staw i tereny podmokłe przy ul. Baryckiej
28 Łysa Góra i dolina Wilgi w Lusinie
29 Park Zdrojowy i dolina potoku w Swoszowicach
30 Starorzecze Wisły i wyspa na Przewozie
31 Staw Płaszowski
32 Zalew Bagry
33 Starorzecze Wisły – Lesisko
34 Żwirownia w Przylasku Rusieckim
35 Bonarka- Stawy
36 Ludwinów
37 Ujście Skawinki
38 Grodzisko
39 Łąki Zadworze
40 Staw na Złocieniu
41 Dolina Drwinki
42 Mokradło w Lesie Borkowskim
43 Łąki Kobierzyńskie
44 Kompleks Przyrodniczy Nowa Huta
PL 
EN