Towarzystwo powstało w grudniu 1982 roku, początkowo jako Klub Ornitologów Małopolski, a od 1992 roku już pod obecną nazwą, jako formalnie zarejestrowane stowarzyszenie. Obszar, na którym MTO prowadzi badania, obejmuje Wyżynę Małopolską, Podkarpacie i Karpaty, co łącznie stanowi 1/5 powierzchni naszego kraju – około 60 000 km2. Skupiamy osoby zainteresowane ptakami z terenów województw: małopolskiego, podkarpackiego, świętokrzyskiego i wschodniej części województwa śląskiego.
Celem działalności towarzystwa jest rozwój zainteresowań przyrodniczych w społeczeństwie, ze szczególnym skupieniem się na ptakach: badaniem ich rozmieszczenia, biologii i aktualnych trendów liczebności. Towarzystwo prowadzi działania na polu ochrony ptaków i środowisk w których bytują, oraz zajmuje się szeroko rozumianą edukację ekologiczną.
Towarzystwo angażuje się w ochronę cennych przyrodniczo siedlisk, przede wszystkim na terenie miasta Krakowa i okolic. Zrzeszamy ornitologów amatorów i osoby zawodowo zajmujące się ptakami, a także wszystkich sympatyków i miłośników tej grupy zwierząt. Naszym głównym celem jest obserwowanie ptaków, zbieranie informacji o ich rozmieszczeniu i liczebności, oraz aktywny udział w ich ochronie. Staramy się także, by wiedza o ptakach docierała do całego społeczeństwa poprzez prasę, radio i telewizję.
Zachęcamy wszystkich do obserwowania przyrody, jako sposób na spędzenie wolnego czasu. Jeżeli nawet nie znasz się dobrze na ptakach a chciałbyś aktywnie włączyć się w prace naszego Towarzystwa lub wspomóc nas finansowo, zgłoś się do nas a na pewno znajdziesz coś dla siebie i wiele się nauczysz. Wiek nie odgrywa roli – liczy się zapał i wytrwałość. Okazją do spotkań członków Towarzystwa są Zjazdy, które odbywają się w Krakowie zwykle jeden raz w roku – pod koniec listopada. Co kilka lat organizowane są również wyjazdowe i weekendowe Zjazdy wiosenne w różnych ciekawych ornitologicznie miejscach regionu. Prezentujemy na nich ciekawe referaty przedstawiające aktualne problemy ornitologii.