Pomurnik nie jest zagrożony globalnie i posiada kategorię zagrożenia LC – najmniejszej troski. Ze względu na rzadkie występowanie w trudno dostępnych siedliskach górskich dokładne rozmieszczenie, wielkość populacji i trendy liczebności nie są dobrze poznane, zwłaszcza we wschodniej części zasięgu w górach Azji. W Europie liczebność populacji lęgowej szacowana jest na 38 000-100 000 par lęgowych, przy czym największe populacje występują w Turcji (5 000-25 000 par), we Francji (4 000-20 000 par), Hiszpanii (9 000-12 000 par) i Włoszech (2 000-6 000). Trend populacji europejskiej pozostaje nieznany, jednak w kilku pasmach górskich (w Pirenejach, Apeninach i Karpatach) notuje się spadki liczebności. Przyczyny zmniejszania się populacji w Karpatach nie są dobrze rozpoznane, ale uważa się, że w pewnym stopniu odpowiedzialne są za to surowe zimy i niekorzystne warunki pogodowe w okresie lęgowym, które wpływają na mniejszą przeżywalność ptaków i sukces lęgowy. Zmiany klimatyczne z jednej strony powinny sprzyjać temu południowemu gatunkowi, ale z drugiej powodują nasilenie ekstremalnych zjawisk pogodowych, które prowadzą do większych strat w lęgach. Kolejnym naturalnym czynnikiem redukującym liczebność pomurnika jest drapieżnictwo ssaków (łasicowate) i ptaków (szponiaste i sokoły, np. krogulec (Accipiter nisus), sokół wędrowny (Falco peregrinus)). Zwłaszcza wzrost populacji lęgowej sokoła wędrownego może potencjalnie niekorzystnie oddziaływać na ten gatunek. Jednym z dowodów jest odnalezienie szczątków pomurnika przy gnieździe sokoła wędrownego w Tatrach na Zawracie Kasprowym w 2011 roku. W związku z bardzo niewielką i wciąż malejącą populacją mogą uwidaczniać się negatywne procesy wpływające na obniżenie kondycji genetycznej. Na Słowacji w Małej i Wielkiej Fatrze zaobserwowano już przypadki par lęgowych, które tworzone były przez blisko spokrewnione osobniki. Gatunek ten zagrożony jest także przez czynniki antropogeniczne, wśród których do najważniejszych należy ciągłe zagospodarowywanie terenów górskich i rosnący ruch taternicki, mogący powodować częste niepokojenie i płoszenie ptaków przy gniazdach. Pomurniki ulegają także kolizjom z elementami infrastruktury turystycznej i sportowej na terenach górskich, czego przykładem jest martwy ptak znaleziony pod wyciągiem narciarskim w Dolinie Goryczkowej w latach 80. XX w.
Pomurnik podlega ochronie w większości krajów europejskich, także w Polsce, gdzie objęty jest ścisłą ochroną gatunkową i ma status gatunku krytycznie zagrożonego wyginięciem (CR).
Opracował – Stanisław Broński
PL 
EN